En 1896 de común acuerdo entre el Gobierno del Perú y la Santa Sede se crearon tres Prefecturas Apostólicas que se confiaron a tres órdenes religiosas presentes en el Perú desde el siglo XVI, por entonces en proceso de restauración: San Agustín, San Francisco y Santo Domingo.
A los agustinos les tocó la parte septentrional comprendida entre los ríos Marañón y Amazonas y sus afluentes (a excepción del Ucayali históricamente evangelizado por los franciscanos), y los límites con Ecuador, Colombia y Brasil, en una extensión superior a los 400.000 km2, con sede en Iquitos, capital del departamento de Loreto.
El Rvmo. P. General de la Orden de San Agustín confió a los Agustinos españoles de la Provincia del Santísimo Nombre de Jesús de Filipinas la misión encomendada por la Santa Sede, seleccionando el Provincial a dos veteranos de Filipinas y dos recién egresados para dar comienzo a la misión: Paulino Díaz, Pedro Prat, Bernardo Calle, Plácido Mallo, sacerdotes, y el hermano Pío Gonzalo Fernández. Todos ellos embarcaron en Barcelona el 11 de noviembre de 1900 llegando al Callao el 24 de diciembre. Celebrada la Navidad en el Convento de San Agustín, recibieron solemne despedida el día 6 de enero del 1901 en el templo de la Recoleta y partieron para la selva el 11 de ese mismo mes vía ferrocarril central, y después a lomo de bestia y en lancha hasta llegar a Iquitos el primero de marzo: cincuenta días de penosa pero pintoresca travesía.
Ya en Iquitos, fue necesario luchar no sólo con las inclemencias de un clima tropical húmedo al que los misioneros no estaban habituados, sino también con la dolorosa condición de sometidos de los pueblos indígenas y la sistemática oposición de sectarios anticlericales, muy en boga a la sazón en Europa y Sudamérica. Sectores hubo en el Parlamento que exigieron se cerrara la entrada a los religiosos que por miles eran expulsados de Francia. Ecuador por su parte acababa de asestar un golpe de muerte a las misiones en el Oriente, desterrando a los Jesuitas. Era lógico que Iquitos, ciudad cosmopolita, rechazara a los frailes que «venían a evangelizar a los salvajes», expresión que para la burguesía emergente en la capital del Departamento era algo denigrante, y reclamara insistentemente que misionasen en lugares distantes a la metrópoli donde hubiera asentamientos indígenas.
